| 北海道・東北 |
| 北海道 |
礼文島、大雪山、北オホーツク海岸、知床、野付半島、釧路湿原、然別湖・東雲湖、渡島半島北西岸、サロベツ原野、オンネトー、積丹半島西岸 |
| 青森県 |
八甲田山、下北半島 恐山・仏ヶ浦、津軽半島西岸、十二湖・白神山地 |
| 岩手県 |
八幡平・乳頭温泉郷、遠野盆地、内間木洞、重茂半島 |
| 宮城県 |
笹谷峠 |
| 山形県 |
出羽三山、飛島、笹谷峠 |
| 秋田県 |
八幡平・乳頭温泉郷 |
| 福島県 |
檜枝岐・野岩鉄道沿線、裏磐梯・雄国沼、尾瀬 |
| 関東 |
| 茨城県 |
奥久慈 |
| 栃木県 |
奥鬼怒、奥日光、足尾銅山跡、奥那須 |
| 群馬県 |
尾瀬、奥日光 |
| 埼玉県 |
奥秩父・両神山 |
| 東京都 |
小笠原、青ヶ島 |
| 甲信越・北陸 |
| 新潟県 |
佐渡・外海府、秋山郷、尾瀬、上路の里、鍋倉山 |
| 石川県 |
能登外浦海岸、白山北麓 |
| 富山県 |
黒部峡谷、五箇山・白川郷、八尾の里 |
| 福井県 |
旧板取宿・木ノ芽峠 |
| 山梨県 |
青木ヶ原樹海、西沢渓谷、大菩薩峠 |
| 長野県 |
上高地、秋山郷、遠山郷、木曽路、奥裾花渓谷、鍋倉山、野麦峠（松本市） |
| 東海・近畿 |
| 静岡県 |
寸又峡・大井川源流、柿田川、中伊豆・猫越峠、桶ヶ谷沼 |
| 岐阜県 |
長良川上流、岩村城跡、野麦峠（高山市） |
| 三重県 |
大台ケ原・大杉谷、神島 |
| 滋賀県 |
琵琶湖・竹生島、石楠花渓 |
| 京都府 |
蛭子山・作山古墳、芦生原生林 |
| 兵庫県 |
瀞川渓谷 |
| 奈良県 |
十津川郷、大台ケ原・大杉谷 |
| 和歌山県 |
熊野古道、古座川、裏高野 |
| 中国・四国 |
| 島根県 |
隠岐・国賀海岸、島根半島北岸 |
| 鳥取県 |
氷ノ山西麓 |
| 岡山県 |
鯉が窪湿原 |
| 広島県 |
比婆山、引き明けの森、宮島(奥宮島) |
| 徳島県 |
祖谷 |
| 香川県 |
小豆島 |
| 愛媛県 |
佐田岬、別子銅山跡 |
| 高知県 |
四万十川、千本山、野根山街道、大堂海岸、奥物部 |
| 九州・沖縄 |
| 佐賀県 |
吉野ヶ里遺跡 |
| 大分県 |
坊がつる、国東半島・六郷満山 |
| 熊本県 |
阿蘇、五家荘 |
| 長崎県 |
五島列島・嵯峨ノ島、鷹島海底遺跡 |
| 宮崎県 |
高千穂の里、椎葉の里、銀鏡 |
| 鹿児島県 |
吐喝喇列島、屋久島原生林、竹島・黒島・硫黄島 |
| 沖縄県 |
西表島、石垣島・竹富島、与那国島 |
